Lý Ấp Phi sinh tháng 1 năm 1964 tại huyện Mặc Giang, nay là Huyện tự trị dân tộc Hà Ni Mặc Giang, địa cấp thị Phổ Nhĩ, tỉnh Vân Nam, Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa. Ông lớn lên và tốt nghiệp phổ thông ở quê nhà. Tháng 9 năm 1980, năm 16 tuổi, ông tới thủ phủ Côn Minh, trúng tuyển và nhập học Khoa Vệ sinh, Đại học Y Côn Minh. Trong quá trình học đại học, ông được kết nạp Đảng Cộng sản Trung Quốc vào tháng 10 năm 1984, rồi tốt nghiệp Cử nhân chuyên ngành Vệ sinh học vào tháng 7 năm 1985. Tháng 12 năm 1996, ông học cao học tại chức tại Viện nghiên cứu Tài chính, Thương mại và Kinh tế, Viện Khoa học xã hội Trung Quốc, nhận bằng Thạc sĩ Kinh tế thương nghiệp vào tháng 11 năm 1998. Tháng 3 năm 2006, ông theo học Học viện Quản lý công cộng tại Đại học Thanh Hoa, nhận bằng Thạc sĩ Quản lý công cộng vào tháng 1 năm 2008. Về giáo dục chính trị, ông theo học các khóa gồm: khóa đào tạo cán bộ thanh niên, trung niên tại Trường Đảng Tỉnh ủy Vân Nam từ giai đoạn tháng 3–7 năm 1997; khóa bồi dưỡng cán bộ miền Tây Trung Quốc tại Trường Đảng Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc từ tháng 9 năm 2002 đến tháng 1 năm 2003. Bên cạnh đó, tại Trường Đảng Trung ương, ông cũng theo học khóa đào tạo cán bộ chuyên môn từ tháng 8 năm 1997 đến tháng 12 năm 1999 và nhận bằng Cử nhân Quản lý kinh tế.[2][3]